区别一：
ISO认证是企业管理体系认证的系统认证，如ISO9001质量管理体系认证、ISO14001环境管理体系认证等；
3C认证是企业生产的产品认证。
区别二：
ISO认证是自愿认证，企业可以选择是否认证；
3C认证是国家强制性认证，国家有3C产品认证目录，只要目录下的企业生产的产品，就必须接受强制性3C认证。
区别三：
ISO认证是国际体系认证是国际认证；
3C是我国主导的强制性认证，是我国主导的认证。
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